Roma, Bizans ve Osmanlı uygarlıklarına damgasını vuran imparatorluklar başkenti İstanbul, hem onun binyıllar içinde biçimlenen "büyük kent" kimliğinin, hem de çevresindeki farklı kültür coğrafyalarının keşfi için atılacak adımların en uygun hareket noktasıdır. Bu nedenle İstanbul Araştırmaları Enstitüsü, merkezden çevreye doğru genişleyen uygarlık izlerini takip ederek Bizans, Osmanlı ve Cumhuriyet dönemlerini kapsayan bir süreçte kentin tarihini, kültürel yapısını ve insan profilini araştırmayı, bu amaçla projeler geliştirip desteklemeyi, ulusal ve uluslararası toplantılar, etkinlikler düzenleyerek elde ettiği sonuçları ilgili kurumlarla paylaşmayı ve yayın yoluyla kamuoyuna ulaştırmayı ana hedefleri olarak belirlemiştir. Enstitü bu ana hedeflerini, kendi bünyesinde oluşturduğu Bizans, Osmanlı ve Cumhuriyet Araştırmaları bölümlerinin çalışma programları doğrultusunda gerçekleştirmeyi amaçlamaktadır.